Từ năm 1800, triều sóng chiến trận đã từ từ trở nên bất lợi cho phía Tây Sơn. Lần đầu tiên Nguyễn Phúc Ánh, thay vì trở về miền nam, đã ở lại Quy Nhơn, khi đó đang dưới sự bao vây. Sau gần một năm không có các kết quả quyết định, ông ta lựa chọn việc chuyển hướng tấn công vào Phú Xuân.

Từ ngày giữ chức Đại nguyên soái đến lúc này trải qua 25 năm, Nguyễn Ánh được 40 tuổi, nhiều phen ông vào sinh ra tử mới thu phục lại được Kinh đô cũ.

Ðến tháng 4 năm Nhâm Tuất (1802), Đức Thế Tổ Nguyễn Phúc Ánh cho sửa chữa Hoàng Thành, qua ngày mồng một tháng 5 cho lập đàn ở xã An ninh (nay là Kim Long, Hương Trà, Thừa Thiên) hiệp tế trời đất về việc đặt niên hiệu, hôm sau ngày mồng hai tháng 5 (1.6.1802) vua ngự ở điện nhận lễ triều hạ, đặt niên hiệu Gia Long, ban lệnh đại xá khắp nước. Sau đó cho dựng Thái Miếu ở bên trái Hoàng Thành. Lên Ngôi Hoàng đế rồi, ngài sai Trịnh Hoài Ðức, Ngô Nhân Tĩnh đem phẩm vật và những ấn sách của nhà Thanh đã phong cho Tây Sơn, sang nạp cho Thiên Triều và xin cho mình làm An Nam Quốc Vương thay thế Tây Sơn.

Đoàn sứ thần của vua Gia Long đi trên 2 thuyền Bạch Yến và Hoàng Hạc vượt biển tới cửa Hổ Môn thuộc Quảng Đông đem theo cả bọn hải tặc Tây Sơn để nộp. Tổng đốc nhà Thanh là Ái Tân Cát Khánh đem việc này chuyển lên Gia Khánh. Gia Khánh vốn ghét giặc Tây Sơn vô đạo, chiêu nạp bọn Mạc Quan Phù cho cướp bóc, đã lâu ngăn trở ở ngoài biển, nay được tin báo nên rất vui lòng, khoản đãi sứ thần rất hậu và đưa các tướng lãnh hải tặc Tây Sơn ra giết hết.[17]